Jednolity Plik Kontrolny dotyczy również podmiotów niemających w Polsce stałego miejsca prowadzenia działalności, a zarejestrowanych w Polsce jako podatnicy VAT.

Ani przepisy art. 193a oraz 274c Ordynacji podatkowej według stanu prawnego od dnia 1 lipca 2016 r., jak również normy zawarte w ustawie o podatku od towarów i usług nie zawierają żadnych przesłanek do przyjęcia wniosku, aby JPK miał dotyczyć tylko podmiotów posiadających w kraju siedzibę lub stałe miejsce prowadzenia działalności. Należy zauważyć, iż z wykonywaniem na terytorium kraju czynności podlegających opodatkowaniu VAT, z tytułu których podatnik zobowiązany jest do rozliczenia podatku należnego, bezpośrednio wiąże się obowiązek prowadzenia ewidencji zgodnie z art. 109 ust. 3 ustawy o podatku od towarów i usług.

Wszystkie dane gromadzone w postępowaniach kontrolnych podlegają tajemnicy skarbowej oraz regułom wynikających z ochrony danych osobowych.
Dla danych gromadzonych na podstawie art. 193a Ordynacji podatkowej zostaną zastosowane wszystkie rozwiązania techniczne i organizacyjne stosowane dotychczas dla dowodów i deklaracji składanych drogą elektroniczną.

Dane w zakresie Jednolitych Plików Kontrolnych przekazywane przez podatników są chronione z zachowaniem wszystkich reguł wynikających z przepisów dotyczących ochrony informacji stanowiących tajemnicę skarbową i ochrony danych osobowych w odniesieniu do ochrony danych w formie elektronicznej.

Dostęp do danych w celu realizacji zadań analitycznych mają jedynie upoważnieni pracownicy resortu finansów.

Jednolite Pliki Kontrolne przesyłane są przez przedsiębiorców do chmury publicznej w postaci zaszyfrowanej kluczem publicznym Ministerstwa Finansów. Do szyfrowania JPK wykorzystywane są silne algorytmy kryptograficzne AES oraz RSA. Odszyfrowanie możliwe jest tylko w środowisku Centrum Przetwarzania Danych Ministerstwa Finansów (CPD MF) z wykorzystaniem chronionego klucza prywatnego Ministerstwa Finansów.
Bezpieczeństwo przetwarzania danych w CPD MF zapewniają:
– System Zarządzania Bezpieczeństwem Informacji zgodny z wymaganiami normy PN-ISO/IEC 27001;
– zasady bezpiecznego przetwarzania danych w CPD MF określone w Polityce Bezpieczeństwa Informacji CPD;
– zabezpieczenia techniczne – systemy typu Firewall, IDS/IPS (Intrusion Detection System/Intrusion Prevention System), systemy antywirusowe i DLP (Data Loss Prevention), system SIEM (Security Information and Event Management) oraz systemy monitorujące funkcjonowanie głównych systemów IT;
– prowadzone okresowe działania audytowe.
System JPK pomyślnie przeszedł testy bezpieczeństwa i zewnętrzny audyt bezpieczeństwa.

Ponadto wszystkie dane przekazywane w ramach JPK są objęte tajemnicą skarbową, której naruszenie jest zagrożone karą pozbawienia wolności (art. 306 Ordynacji podatkowej).

Przy tworzeniu systemu Ministerstwo Finansów wzorowało się na systemach portugalskim i luksemburskim. Polska wersja JPK oparta jest na standardzie OECD zwanym Standard Audit File – Taxes (SAF-T) w wersji 2.0 z 2010. Standard ten został dostosowany do polskiego systemu podatkowego w wyniku prowadzonych testów i konsultacji. Podobne rozwiązania wdrożyły ostatnio Słowacja, Czechy, Litwa, Łotwa i Estonia. Kolejne kraje UE również planują w najbliższym czasie wdrożenie takich systemów.

Będą to testy weryfikujące spójność, dokładność i kompletność ksiąg i deklaracji podatkowych. Podstawowymi testami będą testy weryfikujące wymogi formalne dla ksiąg, takie jak kolejna numeracja, luki i duplikaty zapisów. Właściwą grupę testów będą stanowić testy rzeczywiste, np. weryfikacja związku przychodów z kosztami ich uzyskania, ciągłości stosowania zasad rachunkowości (np. zasad wyceny aktywów metodą FIFO, LIFO), prawidłowości stosowania stawek podatku od towarów i usług itp.

Przekazanie danych w postaci struktur JPK jest poprzedzone testami prawidłowości struktury pliku i poprawności zawartych w nim danych.
W przypadku błędnych danych zostaną wskazane konkretne pozycje, w tym również te, które były obowiązkowe, a nie zostały wypełnione.
Każda z 7 struktur:
– księgi rachunkowe – JPK_KR
– wyciąg bankowy – JPK_WB
– magazyn – JPK_MAG
– ewidencje zakupu i sprzedaży VAT – JPK_VAT
– faktura VAT – JPK_FA
– podatkowa księga przychodów i rozchodów (KPiR) – JPK_PKPIR
– ewidencja przychodów (ryczałt) – JPK_EWP
posiada pola, których wypełnienie jest wymagane.

Szczegółowe informacje można znaleźć w opisie struktur zamieszczonych na stronach Ministerstwa Finansów

Kontrola poprawności wypełnienia pliku JPK najczęściej będzie przeprowadzana przez program komputerowy, dzięki czemu od razu będzie można stwierdzić czy dane są zgodne z wymaganą przez pliki strukturą.

W przypadku, jeżeli kontrola dotyczyć będzie kilku magazynów, to należy dla każdego z nich wygenerować osobny plik JPK_MAG.

Możliwe daty na dokumencie to data wystawienia, data sprzedaży, data wpływu (faktura zakupu), czy też może data ujęcia faktury w deklaracji VAT.
Datą faktury decydującą o ujęciu w pliku może być każda z wyżej wymienionych. Najczęściej będzie to data ujęcia faktury w deklaracji VAT lub w okresie sprawozdawczym dla ksiąg. Określało to będzie postanowienie organu podatkowego.

Konstrukcja struktury JPK_FA wymusza przygotowanie osobnego pliku dla każdej waluty. W praktyce organy podatkowe będą żądały faktur wystawionych w tych walutach, które będą istotne dla realizacji zakresu kontroli (najczęściej w dwóch lub trzech walutach).

Struktura faktur VAT nie musi się uzgadniać do deklaracji VAT-7. Kryteria dotyczące faktur będą głównie zależały od rodzaju i zakresu ksiąg, do rozliczenia których będą służyły i każdorazowo będą wskazywane przez organ podatkowy.

Zdarzają się sytuacje, kiedy faktura została zaksięgowana w miesiącu bieżącym, ale w deklaracji VAT została ujęta w miesiącu kolejnym.
Porównując dane z poszczególnych miesięcy można stwierdzić, że dane wartości faktur nie są zgodne z wartością podatku wykazaną w deklaracji VAT-7 lub JPK_VAT. Oczywiście należy pamiętać o takich sytuacjach, a korzystając z systemów komputerowych takie zdarzenia są bardzo szybko wychwytywane.

Może się okazać, że podczas kontroli takie sytuacje będą wskazywane jako problematyczne.
W takich przypadkach Organy podatkowe, zgodnie przysługującymi im uprawnieniami żądania całości lub części informacji, będą pobierały księgi rachunkowe i faktury za okresy obejmujące kompletne rozliczenie VAT, tj. obejmujące miesiąc poprzedni i następujący po właściwym miesiącu rozliczenia VAT.

Jednolity Plik Kontrolny VAT (w skrócie JPK_VAT)- to zestaw informacji o zakupach i sprzedaży podatnika, który wynika z ewidencji VAT za dany okres. Jest wysyłany obowiązkowo co miesiąc do elektronicznego systemu Ministerstwa finansów. Wysyłka pliku musi odbywać się do 25-go dnia następnego miesiąca.
JPK_VAT jest jedną z siedmiu struktur (logicznych postaci elektronicznej ksiąg podatkowych oraz dowodów księgowych). Ma na celu usprawnienie pracy organów podatkowych, przez co będą one mogły szybciej weryfikować dane podatników i wydawać decyzje podczas przeprowadzanych kontroli.
Plik JPK_VAT ma ustandaryzowaną strukturę, schema XML, i najczęściej będzie generowany z programów księgowych podatników. Dane zawarte w pliku JPK_VAT powinny uzgadniać się z danymi z deklaracji VAT-7. Każdorazowe wysłanie pliku wiąże się z jego wcześniejszym podpisaniem (podpis kwalifikowany, profil zaufany lub dane autoryzujące – tymczasowo).